長庚大學與行政院衛生福利部健康資料加值應用協作中心合作，於長庚大學設置「衛生福利部衛生福利資料科學中心-長庚大學研究分中心」與「長庚大學健康資料研究服務中心」，並於2013年11月26日正式揭牌成立。長庚大學分中心是衛生福利部統計處設立的第六個分中心，而統計處目前已提供103種資料庫，包含健保百萬歸人檔，以及許多與衛生政策、健康調查、醫療相關的資料。

    「長庚大學分中心」可提供長庚體系研究人員便利的資料及完善的使用環境，並方便相關流程之申請。而為同步發展校內研究合作，並結合長庚體系廣大相關健康資料之應用，特設置「長庚大學健康資料研究服務中心」，推動本校與長庚醫療體系應用全國性健康資料庫，以進行相關研究與健康資料加值之工作。並辦理教育訓練與工作坊、推廣健康資料分析與加值研究、培育健康資料分析人才、提供健康資料處理與分析諮詢服務。